La relación de este pueblo con el mundo occidental siempre fue conflictiva; en 1557 Juan de Salinas ingresó en sus territorios y fundó varias colonias, pero los Jíbaros las destruyeron en 1599. De igual manera, las actividades militares y misioneras fracasaron durante el siguiente siglo. En ese entonces se estimó la población aborigen en 30,000 personas. Sin embargo, la situación de conflicto no sólo se manifestaba contra los occidentales; desde muchos siglos atrás, los Achuar han estado en guerra con los otros grupos étnicos que habitan la zona de los ríos Pastaza y Morona, como son los Huambisa y Candoshi.
En 1767 los jesuitas se establecieron entre los Jíbaro, pero fueron expulsados ese mismo año y luego los franciscanos trataron de realizar el trabajo de evangelización desde 1790 hasta 1803, sin mayor éxito. Los jesuitas regresaron en 1869 pero otras sucesivas revueltas entre 1873 y 1886 hizo que se retiraran. Durante el resto del siglo 1900 llegaron más viajeros, misioneros y expediciones militares, pero ninguna perduró.
Durante el siglo 20 misioneros protestantes y católicos se han logrado establecer en el área, aunque se mantuvo la hostilidad hacia los blancos hasta finales de la década del veinte.